Le Benelux a toujours eu un rôle de précurseur au sein de l’Union européenne. Par exemple, l’Accord Schengen (1985) entre le Benelux, la France et l’Allemagne est à l’origine de l’Espace Schengen de l’Union européenne (1997).
Le Conseil consultatif Benelux, dit Parlement Benelux, réunit des représentants des assemblées belges, néerlandaises et luxembourgeoises. Il joue un rôle consultatif. Le Parlement Benelux peut adresser aux gouvernements des États membres des avis sur des problèmes en lien avec les objectifs du Benelux, dont notamment la coopération transfrontalière, le marché intérieur, la coopération économique, la culture, la recherche et l’enseignement. Le Parlement de la Fédération Wallonie-Bruxelles y est représenté par deux de ses députés